* Năm 1995: Thành lập Bộ môn Toán trực thuộc Trường Đại học Duy Tân. Bộ môn Toán bao gồm 6 thành viên (gồm 1 trưởng Bộ môn và 5 giảng viên).
* Năm 2005: Sáp nhập các Bộ môn Toán, Lý, Hóa và lấy tên gọi chung là Bộ môn Khoa học Tự nhiên (KHTN). Bộ môn KHTN có 11 thành viên trong đó : Toán có 8 thành viên, Lý có 2 thành viên và Hóa có 1 thành viên.
* Tháng 10/2007: Thành lập Khoa Khoa học Tự nhiên theo Quyết định số 1184/QĐ-ĐHDT. Khoa KHTN gồm 14 thành viên, trong đó : Toán có 11 thành viên, Lý có 2 thành viên và Hóa có 1 thành viên. Thời điểm này, Khoa có 2 Tổ Bộ môn trực thuộc Khoa là : Bộ môn Toán và Bộ môn Lý Hóa.
* Tháng 08/2008: Thành lập Tổ chuyên môn Môi Trường trực thuộc Bộ môn KHTN, sát nhập với Tổ chuyên môn Lý Hóa. Tính đến thời điểm này, Khoa có tất cả 18 thành viên, bao gồm 2 bộ môn trực thuộc Khoa (BM Toán và BM Khoa học Tự nhiên), 2 Tổ chuyên môn trực thuộc Bộ môn KHTN (Môi Trường và Lý Hóa).
* Tháng 10/2008: chuyển Tổ chuyên môn Môi Trường về Khoa Kiến Trúc. Khoa chỉ còn lại 2 Bộ môn chính là Bộ môn Lý Hóa (4 thành viên) và Bộ môn Toán (11 thành viên).
* Tháng 02/2009: Khoa tiếp nhận mới 2 thành viên cho 2 Tổ Bộ môn và 1 thành viên của Bộ môn Toán đã chuyển công tác.
* Tháng 06/2009: Khoa tiếp nhận mới 2 thành viên bổ sung nhân sự cho 2 Tổ Bộ môn.
* Tháng 11/2009: Khoa tiếp nhận mới 2 thành viên bổ sung nhân sự cho Bộ môn Toán.
(Tập thể Khoa Khoa học Tự nhiên - tháng 11 năm 2009)
* Tháng 09/2010: Khoa tiếp nhận mới 1 thành viên bổ sung nhân sự cho Bộ môn Lý Hóa.
* Tháng 12/2010: 01 thành viên của Bộ môn Toán đã xin nghỉ công tác tại Trường.
* Tháng 01/2011: Khoa tiếp nhận mới 3 thành viên bổ sung nhân sự cho Bộ môn Toán.
* Tháng 06/2011: 2 nhân sự của Bộ môn Lý Hóa chuyển sang Trung Tâm Thí Nghiệm trực thuộc Trường.
* Tháng 01/2012: Khoa tiếp nhận mới 1 thành viên bổ sung nhân sự cho Bộ môn Toán.
* Tháng 02/2012: Khoa tiếp nhận mới 2 thành viên bổ sung nhân sự cho Bộ môn Lý Hóa, và 1 thành viên được chuyển đến đơn vị từ Trung Tâm Thí Nghiệm. Cùng thời gian này, Bộ môn Lý Hóa đã tách để hình thành 2 tổ chuyên môn (Lý và Hóa) trực thuộc Khoa.
Tính đến tháng 11/2012 Khoa có 25 thành viên, trong đó Bộ môn Toán có 17 thành viên, Tổ chuyên môn Lý có 5 thành viên và Tổ chuyên môn Hóa có 3 thành viên.
(Tập thể Khoa Khoa học Tự nhiên - tháng 12 năm 2012)
Thành phần Lãnh đạo Khoa và Bộ môn:
+ Trưởng Khoa : TS. Đặng Văn Cường.
+ Trợ lý trưởng khoa: ThS. Thân Thị Quỳnh Dao.
+ Tổ Trưởng Bộ môn Vật Lý : ThS. Nguyễn Phước Thể.
+ Tổ Trưởng chuyên môn Hóa : ThS. Phan Thị Việt Hà.
+ Tổ Trưởng Bộ môn Toán : ThS. Phan Quý.