Khoa Khoa học Tự nhiên của Trường Đại học Duy Tân được thành lập vào ngày 01 tháng 10 năm 2007 theo quyết định số 1184/QĐ-ĐHDT, tiền thân của Khoa là Bộ môn Khoa học cơ bản - được thành lập ngay từ những ngày mới thành lập Trường. Khoa đảm nhận các học phần Toán học, Vật lý, Hóa học và Sinh học đại cương trong các chương trình đào tạo của Trường.